黑客帝国3中，为什么只有一艘船回了zion？除了之前被 *** ith爆了的5艘不应该还有很多吗？

出去的只有3艘船，他们是去找先知的，后来墨菲斯的那艘炸掉了，而NIOBE的船给了NEO，还有很多船当时是留在ZION里的，但是由于 *** ITH提前发动了EMP，所以导致别的船的电力系统都瘫痪了，没有用了，所以最后只有靠HAMMER的那艘船发动EMP来暂时缓解ZION受到的攻击压力。

满意请采纳~谢谢~

黑客帝国解析

先说下初看这支预告的感受吧，和不少大伙伴留言那样，之一次看完这支预告片时，感觉似曾相识的要素过多，多到有种堆叠感，似乎恨不得大到动作和镜头语言，小到物件都要去贴合前三部尤其是之一部的作品。

说好听点的叫自我经典致敬，说难听点有点炒冷饭。

坦白讲确实这支预告我之一次看完也没有那么的兴奋，毕竟三部曲已经做得非常完美了，再加上沃卓斯基现在应该叫姐妹，她们此前已经明确回答《黑客帝国》只有三部曲，并反感有第四部的出现，可时间的力量才是最强大的，虽然只有拉娜在导演和编剧名单上，但或许莉莉应该也会从中影响第四部的进程。

不管怎么样吧，之一支预告当再多看几遍时，我发现这支预告在似曾相识中，又夹带着各种细思极恐的可怕细节，让我不得不浮想联翩然后越来越期待，毕竟《黑客帝国》系列嘛，肯定是非常优秀的。

黑客帝国3里面那个中子弹为什么只有船上才有，总部大厅怎么没装，或者大厅放几艘船不就可以了

你说的电磁波吗？就是人类消灭机械的唯一手段。

1，你设想一下，人类都生活在地心了，资源匮乏到你想象不到的地步。

2，电磁波是破坏所有的电子设备，没有了电子设备，人类在地心无法生存

黑客帝国看不懂

一开始，人类和机器大战，结果人类输了。但奇怪的是人类没有灭亡，而是变成了机器的能源。机器从人类身上获取能源显然是个假象，或者说，人类的确在做机器的电池，但这显然不是机器的目的，因为它们从人身上获取能源显然不如直接获取养活人类的那种能源来的划算。机器没有灭绝人类，可能有两个原因吧，一方面，一开始机器就有怜悯之心，它们不希望人类灭绝，但又不再想受人类威胁，更好的办法就是囚禁他们的身体，然后用一个虚拟世界来控制他们的精神，把人类作为生物电池只是副产品；另一方面，可能是机器希望研究人类以改善他们自己，同样出于消除人类威胁性的考虑，必须把人类以某种方式囚禁起来。我想对于Matrix的产生两个原因都有一点。总之，Matrix就这样诞生了。不管之一个Matrix是怎样的，总之它就是个真到让绝大多数人都以为是现实的虚拟世界，所有人的身体都在当电池，而他们的精神都活在Matrix中。Matrix的设计者就是那个设计师了，我认为他和第三集里的机械大帝是同一个东西，它就是机器世界的更高管理程序，机械大帝是它的载体，设计师是它在Matrix里人型化的投影。当然，也有可能设计师只是更高管理程序的子程序罢了，因为机器们可能有很多事情要管，不是只局限于Matrix。

继续说情节——一开始，这个设计师的脑袋似乎只有一根筋，它设计的Matrix里的所有东西都是可计算的，就是在数学上是完美的，人类也必须在这个完美的数学模型中运行，但显然人类不是这样，人类的怪点子太多了，所以之一代Matrix崩溃了。他不死心，还以为这是因为人类不适应新环境，所以又以人类历史为背景重写了Matrix，但这一代Matrix又失败了。更高管理程序（或者是设计师）于是只好又编了一个研究人类心理的超级程序—它就是先知。在她的提示下，设计师的脑筋开始有点会转弯了。他让matirx里的人类开始有选择，这样Matrix就更接近现实世界了，但是这个Matrix还是有问题，主要是两个：一是人类中总有1％的人不那么老实，他们总觉得Matrix不是真的，如果把他们闷坏了，Matrix还是会崩溃；一是由于Matrix系统的不断改进，一些旧的程序会不时被删除，但总有那么一些程序不想被删，它们就在Matrix里躲起来（那个法国人就是这类程序中的佼佼者），成为非法程序，这种程序总删不掉的话，Matrix也有崩溃的危险。为了解决这两个问题，设计师想到了一个一举两得的办法：一方面，他让那1％不太老实的人觉醒，从Matrix中脱离，让他们在现实世界的地底造一座叫zion的城市，成为Matrix的黑客，进行抵抗运动，实际上这是完全在设计师的控制之下的，这只是一种迂回的控制，因为如果把这些人强行压制在Matrix里反而对Matrix不利；另一方面，设计师 *** 他能找到的所有非法程序的原始代码（应该是原始代码，因为如果设计师直接知道非法程序的代码，那它直接删就行了）编写一个叫做“救世主”的程序（代码），这个程序显然可以发展成非法程序的最终形式，这个程序被植入Matrix的某个人类的精神中（到底怎么选中这么一个人的，电影里没说），那么这个人就成为救世主，之所以叫他救世主是因为它的一个作用就是它是那些zion中觉醒的人类的“救世主”，因为每到zion的力量强到开始对机器产生威胁时，黑客们就会遇到先知（这也是设计师的安排），先知会告诉他们寻找救世主，说救世主能帮助他们打败机器，救世主被找到后不久，也就正好是它的超能力觉醒的时候，这其实是他身上的那些非法程序的代码终于成熟了，这样，又在先知的指引下，黑客们和救世主来到Matrix的代码之源，救世主见到设计师，得知真相后，救世主不得不带着身上的非法程序代码、按设计师的吩咐返回代码之源，让Matrix的代码库升级，Matrix并在此基础上升级重载，重载后的Matrix就能对付原来那些非法程序了（救世主这一身份只不过是为他的归还代码找个理由罢了）。在救世主见设计师时，机器军队也在毁灭zion，救世主完成他的“升级代码库”的任务后还有一项任务就是从Matrix中选23个男男女女重建已毁灭的zion，当然，也许是几代之后，这23个人的后代们又会在先知的指引下去寻找新的救世主。可悲的是，救世主往往只能选这一条路，因为如果他不这么干，设计师就会毁灭全人类。这里顺便说一下，救世主到底是人还是程序？其实，Matrix里的程序和人的精神（灵魂）的差别已经很小了，像第三集的印度人都有了人类的爱情和亲情，他们的不同可能仅仅是载体不同而已，程序的载体是芯片，灵魂的载体是人脑。所以，程序和灵魂是可以结合的。救世主其实就是以人脑为载体的人本身的精神和“救世主代码”的结合体。精神和代码已经不分了。

以上是前几代救世主的命运，到了Matrix升级的循环到了第六代的时候，先知这个程序可能是研究人研究得深了，自己也变得人性化起来，逐渐变成了一个好人（正确的说是一个善良仁慈的程序），她开始收留一些非法程序，有的被她养着，有的成了她保镖，它还开始怜悯起那些觉醒的人类前赴后继但全不知情的抵抗和一次次被毁灭的结局。因此，先知开始有了一个计划，她要通过一个 *** 让Matrix的升级在这一代结束。她的计划包括两个方面：一方面，她要让这一代的救世主在见到设计师时不选择进入代码之源，她的 *** 是让设计师稍稍改变救世主的代码，让他爱上某一个黑客（当然这一意图是不能让设计师知道的，先知可能是告诉设计师她只是要做个小实验罢了，比如说观察加入爱情后救世主的反应，第二集里设计师自己也说：“观察你的反应是很有趣的”，先知料到设计师会低估爱情的力量，认为救世主还是会选择进入代码之源。所以我觉得neo爱上trinity是先知和设计师的安排，这虽然很可悲但却合理）这样救世主为了救心上人而放弃进入代码之源。第二集结束时，先知的这一步计划成功了，但仅有这一步是不够的，因为如果救世主不进入代码之源，那么设计师就会毁掉全人类，而且zion照样会被毁灭。所以另一方面，先知必须要给救世主准备一个可以和机器大帝（设计师）谈和的筹码，这个筹码就是 *** ith。先知说了，Smith是救世主程序的反面，我认为这样的程序是不可能自己形成的， *** ith这一程序应该是先知一手改写的。按照设计师的说法，先知这一程序是要定期检查的，不然也会危及系统，这说明先知在Matrix中的能力（或者说权限）是相当大的，她极有可能用某些 *** 改写了 *** ith的程序（连法国人和印度小女孩都能编写程序，何况是神通广大的先知呢？），而且是用救世主程序的反面改写的，所以 *** ith还是个合法程序时，他就强烈表现出非法程序的“气质”（审问Morpheus那段，他想脱离Matrix的愿望比neo还强），而在救世主身上的非法程序代码苏醒（力量觉醒）之时， *** ith身上的非法代码也激活了。如果说救世主是设计师可控的非法程序最终形式的话，那么 *** ith就是设计师意料之外的最可怕的非法程序。其实， *** ith是先知计划中很重要的一枚棋子，先知就是要让 *** ith强大到设计师无能为力的地步，而只有neo可以凭借身体内与 *** ith相反的代码将其中和，neo以消灭 *** ith为条件换来和平。——以上就是先知的如意算盘了，这其中有一些过程先知可以凭借她在Matrix内的精密计算和她对人类心理的深刻理解而预知，还有一些也是听天由命的，正像最后设计师对先知说的：“你玩了一个很危险的游戏”。先知基本上也就是赌一把。

整个Matrix系列说的好像基本上就是先知这一人类拯救计划的执行过程。这一代的黑客代表人物Morpheus和Trinity等人找到了这一代的救世主载体Neo。Neo在历尽磨难后终于变成了救世主（其实是必然的），他同时也爱上了Trinity（其实先知早就告诉Trinity了，这根本就是先知安排的——我们经常说的“造化弄人”实际上是不是脑子里被写进了一个程序呢？）。（之一集）

Simith在被Neo干掉之后也顺理成章地成了非法程序，能力开始成长（复制能力）。然后neo他们又从非法程序的精神领袖那里抢来了知道如何进入代码之源的程序。从这个精神领袖的话中得知，似乎每一代救世主都要找他麻烦，似乎这也是设计师的安排。Morpheus他们在得到Neo后变得越来越神勇，原来见到Agent像耗子见了猫似的，但这时已经不怎么害怕了，还能和他们过几招。后来neo终于见到设计师，Trinity也 “很及时地”遇到危险，得知救世主真相后的neo为了救心上人还是弃全人类不顾，毅然决然救了Trinity，回到现实。得知真相的Morpheus也备受打击，从此光采尽失。这时neo突然有了在现实中击毁电子章鱼的能力，当然，用了一次就晕了。（第二集）

这时，有复制能力的 *** ith居然复制到了一个zion的人类身上还把人类的飞船都破坏了。这些飞船上有人类最厉害的武器（那种按一下机器人就死光光的东西，忘了叫什么了）。这时只剩下配合neo他们行动的两艘飞船了。一艘返回zion去支援那里只用非常简陋的机器人和电子章鱼拼命的人类军队。另一艘载着neo和Trinity去机器城见机器的老大——机器大帝。途中遭被 *** ith复制的那个人的突袭，neo双眼被刺瞎，但他在现实中感知和摧毁代码的能力却完全觉醒了，其实这是因为在第二集结束时，neo接触了Matrix的更高管理程序——设计师而成长了，他原来只能在Matrix中感知代码，现在由于学习，他也能在现实中感知代码了，原来必须接触Matrix，现在可以远程感知了（所以neo在现实中有超能力根本不是说zion也是虚拟世界，只不过是neo的能力从插卡式进化到遥控式罢了，他在现实中的超能力还是仅限于代码的）。他们干掉了这个 *** ith，终于闯进了机器城，但Trinity牺牲了。这时，Matrix中的 *** ith果然已经如先知预期的那样几乎把整个Matrix里的人和程序都复制成他自己了，包括先知自己在内（至于为什么 *** ith吸收了先知之后还是不知道这是先知的计划，这可能是因为先知这个程序即使被吸收也还是有保护代码， *** ith无法完全破解——只能这样理解了，不然我的文章就白写了）。Neo和机器大帝达成协议，进入Matrix消灭Smith，换取人类和机器的和平，机器大帝同意了。结果Neo和Smith在无数Smith的注目下决战，Neo当然打不过Smith了，但是最后Smith同化Neo时，Neo释放自己的代码，和Smith同归于尽了。这时，所有被 *** ith同化的人都恢复原状，而和Neo的决斗的那个Smith恢复成了先知（这很容易理解，因为吸收了先知的 *** ith显然是所有 *** ith中最强的，所以代表无数 *** ith和neo决斗的就是先知同化成的 *** ith，从躺在地上的先知嘴角含笑来看，先知在被 *** ith吸收后应该是还有自我意识的，她知道自己的计划终于实现了）。这时，进攻zion的机器大军也撤退了。第二天，先知和设计师碰面，设计师承诺遵守诺言，不再迫害那些觉醒的人类，从此人类可以在Matrix和zion之间自由选择。Matrix里之一次升起了不带绿色的朝阳，地球成了一个人类和机器、机器城和zion、觉醒的人类和Matrix中的人类、合法程序和非法程序共存的和谐世界。革命成功了！（第三集）

黑客帝国的剧情问题？？

电脑统治了世界，但是由于核战争，阳光被遮住，万物无法生长，能源也用光了。电脑发现人可以产生生物电，于是把人象种菜一样的进行克隆培养。但是，为了让他们不抵抗，这些人都是被催眠了的，并且通过影响脑电波，为每个人模拟一个世界(即母体，the

matrix)，并按他们实际生长的时期模拟不同的生活情况。

另外有些人，是生活在地下的“自由世界”，之所以说自由，是因为他们不被电脑控制，之所以用引号，是因为他们无法到地面上去。他们一方面要抵抗机器的入侵，一方面也想拯救那些被催眠的同类。经过百年的战争，这些人的最后城池岌岌可危，但是他们发现并唤醒了救世主neo，于是这群人通过黑客手段进入母体。不过他们不是只用电脑进入，而是用通过和电脑连接，使自己的意识直接进入母体。

这样，就象是一个玩...电脑统治了世界，但是由于核战争，阳光被遮住，万物无法生长，能源也用光了。电脑发现人可以产生生物电，于是把人象种菜一样的进行克隆培养。但是，为了让他们不抵抗，这些人都是被催眠了的，并且通过影响脑电波，为每个人模拟一个世界(即母体，the

matrix)，并按他们实际生长的时期模拟不同的生活情况。

另外有些人，是生活在地下的“自由世界”，之所以说自由，是因为他们不被电脑控制，之所以用引号，是因为他们无法到地面上去。他们一方面要抵抗机器的入侵，一方面也想拯救那些被催眠的同类。经过百年的战争，这些人的最后城池岌岌可危，但是他们发现并唤醒了救世主neo，于是这群人通过黑客手段进入母体。不过他们不是只用电脑进入，而是用通过和电脑连接，使自己的意识直接进入母体。

这样，就象是一个玩网游的玩家有了作弊外挂啦，所以他们在母体中就会有超能力。而母体也有维护秩序的人，那就是“探员”，就象是GM——游戏管理员啦。他们当然权限大，也就是说，也有超能力啦。

谁知道，neo这个母体中的超级病毒感染了一个探员，使之成了更厉害的病毒，可以不断复制自己，以至于母体在对付人类这一心腹大患的同时不得不想办法对付那个病毒(史密斯)。但是就是没办法，于是neo在人类快支持不住的时候，跟母体的主宰(建筑师)进行谈判，以他的力量去消灭史密斯(其实消灭不掉，但是可以让史密斯感染到自己身上来，而他又是通过母体的线连进母体的，所以删了他，史密斯就被完全删除了)，这样来换得锡安所有人的性命。也就是说，他用自己的生命，换得众人的生存。

关于黑客帝国

骇客任务是什么？只有一群人数稀少的地下斗士知道，可是却没有人想信他们的说法：未来只是幻觉，现实是最可怕的梦魇。

二十二世纪的电脑骇客尼奥，总觉得世界一切都不对劲，却说不出个所以然来。在梦中、在电脑中常会有个声音跟他说话，让他的生活似梦非梦，也让他混淆真实与梦境的界限。直到有一天，有人告诉他，他身负着重大使命，必须武艺高超，才能将全人类从电脑的牢笼中释放出来。

骇客任务是什么？你无从知道，也无法解释，除非你亲身经历，亲眼目睹……

托马斯·安德森是一个貌似普通的年轻人，但他一直用两种方式生活着。一个身份是在一家体面的软件公司里做程序设计员，和所有普通人一样过着平淡无奇的生活；而另一个身份则是电脑世界里的著名黑客，化名是尼奥。作为一个独自居住的人，他一直在做噩梦，就在这一天晚上，他遇到了改变他生活的事件。

在尼奥遇到崔尼蒂后，他的生活就开始变得诡异起来。当他上班时，他接到一个奇怪的 *** ，并遇到莫名其妙的追杀。

尼奥和特工史密斯的遭遇就象是一个噩梦一样可怕，尼奥也愿意相信这一切不过只是场噩梦。而另一个著名黑客莫菲斯的 *** 让尼奥更加疑惑。为了解开这些疑团，他跟随崔尼蒂来到了莫菲斯的房间。

尼奥发现自己在一个无法想象的地方醒来，随后发生的一切都是他无法理解的。

当尼奥再次醒来时，他发现自己在一艘名叫“尼布甲尼撒号”的飞船上。而莫菲斯等人的形象也发生了巨大的变化，他意识到自己和周围的世界和以前不再相同。

尼奥终于知道了自己的身份，他就是莫菲斯口口声声所说的那个“救世主”。当尼奥知道自己再也回不去后，他开始接受自己的命运。

在“尼布甲尼撒号”的船员中，塞弗是一个特工们有联系的线人。因为塞弗对真实生活感到失望，他希望回到矩阵的虚拟生活中去。因此他出卖了莫菲斯等人。

当莫菲斯决定带尼奥去见先知时，塞弗终于找到了机会。他一进入矩阵，就将手机丢入垃圾桶，以便特工追踪他们的行踪。尼奥见到先知后，却没有得到答案，反而对真相更加疑惑。

当尼奥他们回到接头处，因为他发现两只一模一样的黑猫连续走过，大家才发现特工已经设下了埋伏。最后因为塞弗的出卖，莫菲斯为了救出尼奥，毅然牺牲自己让尼奥逃走。

塞弗先回到了飞船，船上的同伴在毫无防备中被他用激光枪击中。于是尼奥的同伴们相继死去，正在千钧一发之机，重伤的坦克用激光枪击毙了塞弗，将尼奥和崔尼蒂从矩阵中救出。尼奥为了救出莫菲斯，决定去做一件以前从来没有人敢去尝试过的事情。

特工斯密斯正在对莫菲斯严刑拷问，正在这时，尼奥和崔尼蒂杀入特工的总部，经过一番恶斗救出了莫菲斯。

在地铁站内，尼奥为了掩护同伴，毅然留下和特工斯密斯展开恶斗。经过一番追逐后，尼奥还是被特工斯密斯乱枪打死。崔尼蒂和莫菲斯都不敢相信这一切。

尼奥再次复活，并真正开始了解矩阵的奥秘。面对可怕的特工，他不再象以前那样逃避，而是用自己的能力就将子弹阻挡在面前，并轻易地消灭了特工斯密斯。

而这一切并非结尾，故事只是刚刚开始。

第二部

假若明天这场战争能够结束？难道不值得为之战斗吗？难道不值得为之牺牲吗？

一切都从“选择”开始。

现在，当人类最后的城市锡安陷入机器军队的包围时，墨菲斯的信念鼓舞了锡安的人们，他们相信“救世主”尼奥将实现先知的预言，结束与机器们的战争。他们把所有的希望都寄托在尼奥的身上。积弱的锡安防守力量根本不足以对抗强大的机甲兵团，尼奥必须和他的战友们一起将敌人彻底消灭。而尼奥在寻找行动的方向时，发现自己陷入令人烦恼的幻觉之中……

“奥西里斯号”飞船在无意间发现成千上万的机器乌贼正在地面集结，并用巨大的机器向地下掘进。船长达里亚斯分析，它们的目的是毁灭位于地下的人类最后的城市——锡安。为了将这个消息送到锡安，“奥西里斯号”飞船展开了最后的绝命飞行。船长达里亚斯的情人乔自告奋勇进入矩阵传送这个紧急信息，同时“奥西里斯号”飞船为了给乔赢得送信的时间，也开始了最后的战斗。虽然最后“奥西里斯号”飞船全体壮烈牺牲，但这个消息终于送达了锡安。

锡安的船长们正在秘密开会，讨论机器乌贼的进攻问题。控制中心确认有25万的机器乌贼将在72小时内攻入锡安，但许多船长并不相信这个情报。莫菲斯带着尼奥和崔尼蒂赶到会议现场，请求其中一个船长帮助他等待先知的消息。

会议被一个神秘客人的消息打断，原来尼奥的老朋友——特工斯密斯死而复生，不再受矩阵的控制，并具有了自我复制的能力。

莫菲斯等人回到人类最后的城市锡安，他们将在这里为飞船充电，以便很快返回矩阵寻找先知。莫菲斯和议长哈曼以及司令官洛克之间为如何防御机器乌贼的进攻展开了激烈的争论。

夜晚，成千上万的锡安居民赶到山洞中的圣殿，莫菲斯发表了震撼人心的演说。

狂欢之后，无法入睡的尼奥和议长哈曼就机器的哲学展开了发人深省的讨论。

尼奥赶到矩阵中和先知会面，而先知的守护者塞拉弗的代码居然闪烁着金光，和绿色的矩阵代码完全不同。经过一番打斗后，塞拉弗确信尼奥就是救世主，带他进入了程序员出入的后门程序。

当先知走后，特工斯密斯在群鸦中现身了。尼奥对此并不惊讶，由于此时的尼奥能力比以前更加强大，众多斯密斯都没有能够将他击败。

为了找到关键人物“钥匙匠”，尼奥他们来到了矩阵中另一个和先知一样古老的程序梅罗文加的地盘。梅罗文加并不愿意将“钥匙匠”拱手送出。

这时梅罗文加的妻子帕塞芬意外地表示愿意帮助莫非斯他们。由于有了帕塞芬的帮助，尼奥他们终于找到了神秘的关键人物“钥匙匠”。

梅罗文加带人赶到，尼奥为了掩护莫非斯和崔尼蒂他们，留下和他们展开了一场恶斗。而梅罗文加手下最邪恶的双子幽灵也追踪莫非斯他们来到了高速公路。在这里，莫非斯、双子幽灵和特工三方进行了一场惊心动魄的搏斗。在最后的关键时刻，尼奥赶到救出了莫非斯和钥匙匠。

钥匙匠向船长们讲述了一个重大的秘密，原来他手里的钥匙可以打开通往矩阵源程序的大门。莫非斯相信这将终结人类和机器之间的战争。

当行动开始后，因为有一艘飞船被机器乌贼击毁，崔尼蒂为了挽救任务，不顾尼奥事前的警告而进入矩阵，切断了电源。

当钥匙匠带领尼奥和莫非斯进入到程序员通道后，阴魂不散而又无处不在的斯密斯出现了。最后钥匙匠牺牲了自己，终于打开了通往源程序的大门。尼奥进入到了这个神秘的地方，见到了矩阵的设计师。

崔尼蒂果然如尼奥梦中一般被特工的子弹击中。但尼奥以神奇的速度飞过矩阵，在半空中接住受伤的崔尼蒂，并用手取出了子弹，以他自身的神奇力量让崔尼蒂复活。

在现实世界中，“尼布甲尼撒号”飞船被机器乌贼击毁，尼奥他们在机器乌贼的追击下仓皇逃命。正在这个时候，尼奥忽然感到事情有些不一样，他在现实世界中也具有了矩阵虚拟世界中的超能力，仅仅用手就阻止了机器乌贼。然后他就昏了过去，留给观众们一个巨大的悬念。

第三部

放弃人类的命运？还是放弃自己的爱人？

救世主尼奥冒着人类最后的地底世界「锡安」被母体摧毁的危险，奋力解救生命垂危的崔妮蒂，但是他也因此由「造物主」那儿得知，人类曾经在与母体的战争中，被毁灭了五次，这次将会是第六次人类世界被母体消灭。同时，锡安的人们面临母体机械大军的入侵，人类也赌上所有武力，发动最后攻势。此外，机器特工史密斯正在变成系统更大的威胁。

如此复杂混乱的局面，先知也无法预言最后的结局。系统本身更是矛盾重重，尼奥只能依靠自己的判断决定人类与机器的命运……

本集故事紧接着上一集的剧情开始了。尼奥在一个虚拟环境中苏醒过来，不知道自己身在何处。而一个小女孩萨蒂告诉他，这是一个归“火车人”管的地方，是独立于矩阵的一个世界。而这个“火车人”则是梅罗文加的手下。

崔尼蒂和莫非斯赶到先知那里，发现先知的外貌已经改变了。先知告诉他们，她为了帮助尼奥，必须要以毁容为代价。先知告诉他们，尼奥现在被困在一个位于矩阵和真实世界中间的地方不能脱身。这个地方归梅罗文加管，如果要救尼奥，就必须要去找他。

尼奥发现自己被困在了地铁站，只能在原地绕圈，根本跑不出这个地方。

莫非斯他们和火车人展开追逐，但火车人很快就摆脱了莫非斯他们。于是莫非斯他们来到了地狱俱乐部找梅罗文加，照例又是一番激烈的枪战后，他们来到了梅罗文加的面前。

尼奥被救出后，发现自己有很多的困惑，于是又找到先知，想知道这些问题的答案。

斯密斯也赶到了先知家中，他感染了所有的人，开始得意地大笑。如果没有人阻止他，斯密斯就将毁灭整个矩阵世界。

所有的人都在为战争做着准备，而一直闭门思考的尼奥终于走了出来。他要一条船前往机器之城，和机器谈判彻底终结战争。所有的人都觉得这个主意很疯狂，因为从来没有人能够到达机器之城。但莫非斯的情人尼俄柏相信尼奥，把自己的船交给了尼奥和崔尼蒂。

在尼奥和崔尼蒂主准备出发时，被特工斯密斯附体的人类拜恩突然袭击了尼奥，将他的眼睛弄瞎了。但这时尼奥忽然发现自己可以不用眼睛就能够看见拜恩，发现了他被斯密斯附体的真相，最后终于杀死了拜恩。

这时机器乌贼已经攻到了锡安，人类和机器在空港展开了残酷的殊死搏斗。人类依靠巨大的机甲战士和乌贼进行着你死我活的战斗，所有的人类都在为自身的生存而战斗着。在最紧急的关头，莫非斯和尼俄柏驾驶飞船及时赶到，用电磁炸弹挽救了即将失败的战局。但是随后更多的机器乌贼赶到，锡安一片混乱，大家都在准备最后的战斗，没有人认为还有幸存的机会。

同时，尼奥和崔尼蒂也在向着机器之城进发。尼奥利用自己的超能力打开了一条血路，在激烈的战斗中，飞船穿越遮蔽了天空的云层，他们之一次见到了光明温暖的太阳。最后他们在付出了惨重的代价后终于达到了机器之城，崔尼蒂也为此付出了生命。尼奥终于和机器开始了谈判，最后以消灭斯密斯为代价达成了和平协议。

在暴雨中的矩阵，尼奥和斯密斯展开了惊天动地的最后决战。他们上天入地，最后终于来到了一切完结的时刻。

机器乌贼从锡安撤离了，战争终于结束了。在矩阵中，先知和建筑师进行了最后的对话，这些悬而又悬的对话似乎为我们揭开了最后的谜底。